Nel periodo etrusco-romano , l'odierno territorio di Città della Pieve apparteneva a Chiusi . Ne sono testimonianza  i numerosi reperti archeologici rinvenuti ai piedi del colle lungo la Valdichiana sparsi oggi in vari musei europei . A Città della Pieve rimane comunque un singolare obelisco etrusco del sec. VI a.C. , attualmente situato al pianterreno di palazzo Corgna .

Il primo nucleo urbano nasce intorno al sec. VII d.C. , come postazione fortificata del Ducato longobardo di Chiusi , in avvistamento di Perugia bizantina . Fuori del castrum , situato presso l'odierna via Manni chiamata un tempo non a caso via Lombardia , viene edificata nel sec. VIII una Pieve , chiesa con funzioni battesimali dedicata ai Santi Gervasio e Protasio (martiri di Milano e quindi della "Longobardia"). La Pieve assolve alla funzione di assorbimento delle ultime "schegge" di paganesimo , secondo un procedimento diffuso in tutta la Tuscia : gli individui che entrano nella chiesa per diventare cristiani si riconoscono anche  come comunità sul piano civile . Si crea quindi un borgo intorno alla Pieve che verso il Mille viene compreso all'interno di una nuova cinta muraria : si forma così il "Castello della Pieve" , antico nome della città . Il centro originario si ingrandisce per il progressivo impaludamento della Valdichiana : la popolazione della valle tende a salire in alto.

Fin dal 1188 la città è sottoposta al dominio di Perugia , particolarmente interessara al controllo sui territori agricoli del "Chiugi" (tra il lago di Chiusi e il Trasimeno) e alla difesa dei propri confini con la nemica Repubblica di Siena . La borghesia cittadina dedita alla lavorazione del laterizio e di un tessuto particolarmente pregiato , il "panno cremisi" , si ribella continuamente aspirando alle libertà comunali . Al guelfismo di Perugia si opporrà così il pervicace ghibellismo di Castel della Pieve che porterà , sotto la protezione di Federico II di Svezia , all'istituzione del libero Comune a partire dal 1228 , anno in cui l'esercito imperiale e quello senese irrompono in Valdichiana contro le città guelfe di Orvieto e Perugia .