Braccio Fortebraccio da Montone. Nel sec. XV la Rocca subì numerosi interventi di restauro . Si segnalano lavori nel 1471 , in occasione di un'ennesima ribellione dei pievesi , sotto la direzione dell'architetto perugino Polidoro di Stefano. Di lì a poco , anche nel 1474 , con la partecipazione dell'architetto lombardo Gasparino di Antonio , a causa delle minacce di guerra sui confini con Siena dovute al furto del celebre Anello della Madonna , compiuto nella Cattedrale di Chiusi dal frate tedesco Winterio per conto di Perugia . Nel 1490 , nuovi lavori condotti da Fino d'Ugolino da Perugia. Nel 1503 , il Valentino , in attesa di passare le Chiane per aggredire la Repubblica di Siena , di insediava nella Rocca e qui faceva strangolare Paolo Orsini e Francesco di Gravina. A partire dal 1529 , con il Cardinale Coppi detto il Tranense , la Rocca , perse le sue funzioni difensive , divenne sede dei Governatori Perpetui. In quell'occasione fu innalzata nel cortile una residenza per i nuovi magistrati, mentre le torri venivano adibite a carcere e ad abitazione di guardie e soldati. Il nuovo edificio si affacciava anche all'esterno , tramite una loggia ancora esistente posta nel lato verso Via Borgo di Giano. L'edificio militare ebbe a soffrire più gravi eventi bellici della storia della città : l'assalto delle truppe francesi nel 1527 , durante il "Sacco di Roma" e quelle toscane nel 1643 , durante la Guerra Barberina. Tra Sette e Ottocento fu costruito sul fronte esterno un grande fabbricato , il Palazzo Governativo , probabilmente ideato da Andrea Vici. Qui e nella residenza cinquecentesca si segnalano interventi successivi dell'ingegner Mondragoni e nel 1851 dell'ingegnere paolo Liverani , per sistemarvi la Gendarmeria Pontificia , il Tribunale , la Cancelleria . Con l'Unità d'Italia , la Rocca diventava infine sede di Carcere Mandamentale. Nel 1914 e nel  1919 , l'Amministrazione socialista della città decise lo smantellamento , rispettivamente , della Porta Perugina e del fabbricato aggiunto , per dare lavoro ai numerosi disoccupati a causa della guerra e per collegare con un largo rettilineo la città al Viale Icilio Vanni, situato fuori le mura.