A seguito dell'unità d'Italia , il Collegio fu soppresso nel 1868 e il Palazzo divenne Sede Municipale nel 1875 , poi sede della Pretura , di altri uffici ed Associazioni pubbliche. Le pareti d'angolo su Via Roma furono ricostruite dopo le distruzioni operate dalle truppe tedesche in ritirata nella Seconda Guerra Mondiale , con gravi perdite di materiale archivistico e librario.La Chiesa fu sconsacrata nel 1901 e nel 1936 vi fu costruito il contenitore dell'acquedotto pubblico. Lo spazio interno è usato attualmente anche come mercato coperto. Nei sotterrranei , ha sede la Taverna del Terziere Borgo Dentro.

Chiesa del Gesù

L'antica Confraternita  del SS. Nome del Gesù ebbe sede in origine presso la Chiesa ed il Convento di san Francesco , poi in una piccola chiesa situata nelle vicinanze della Porta Perugina , nell'area dell'odierna Caserma dei Carabinieri. Qui , nel 1699, la suddetta Confraternita si riunì con quella della Misericordia , a sua volta istituita da San Bernardino da Siena presso l'Oratorio di san Bartolomeo , dove rimase fino al 1578 quando venne trasferita nei pressi della Cattedrale.Date le accresciute esigenze , la nuova istituzione , che intanto si era aggregata alla Compagnia di San Giovanni Decollato di Roma , decise nel 1786 di costruire una nuova Chiesa , che poi quella attuale , nell'area dell'antico Ospedale della Misericordia.

L'Ospedale fu così trasferito nel luogo della Chiesa preesistente dove rimase fino al 1912 , anno in cui passò definitivamente nell'ex-Convento dei Servi di Maria. La Chiesa , che con l'annesso campanile fu terminata nel 1798, alla vigilia dell'occupazione francese , presenta una facciata di gusto neoclassico dove sono evidenti i riferimenti al prospetto della Chiesa del Gesù di Roma ideato dal Vignola.

La stretta somiglianza degli elementi architettonici con la facciata di San Luigi del Seminario e con quella di santa Maria dei Bianchi , ambedue ideate dal Vici , ci induce a ipotizzare un suo intervento. Ad Andrea Vici si deve probabilmente anche il nuovo Ospedale della Misericordia , del quale è visibile il portale , uno dei pochi elementi rimasti negli abattamenti a Caserma dei Carabinieri. Nell'Altare Maggiore è collocato il "Simulacro del Cristo Morto" , scultura quattrocentesca in legno , oggetto di particolare venerazione . In origine apparteneva alla Monache di S. Lucia , ma poi fu concesso alla Confraternita della Misericordia per le Processioni . E' per questo motivo che nella Processione del Venerdì Santo , "Il Cristo Morto" viene portato in adorazione alle Clarisse